प्रज्ञा प्रतिष्ठानको संगठन देहाय बमोजिम हुनेछ । यिनीहरूको सामुहिक रूप नै प्रज्ञा प्रतिष्ठानको स्वरूप हुनेछः–
(क) प्राज्ञ सभा,
(ख) व्यवस्थापन परिषद्,
(ग) सेवा आयोग,
(घ) केन्द्रीय कार्यालय,
(ङ) समिति र निकायहरू ।